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交联肽段的MS/MS谱非常复杂，我们对比了几组不同的峰提取参数以得到最佳的分析结果。

本月的特色文章介绍了一种研究靶向结合蛋白进行脱磷酸化的新方法。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

Mascot Distiller支持使用命令行导出定量结果的HTML和CSV文件。

如果您有任何意见或问题，请随时 联系我们。

交联谱峰的最佳提取方法

交联可以为蛋白质之间的相互作用位点研究提供有价值的信息，但由于交联肽之间的重叠影响，所得到的MS/MS谱通常非常复杂。对于这些谱峰的提取和识别相当具有挑战性，所以我们对比了几组Mascot Distiller的提峰参数对获取的peak list的影响。

交联谱通常包含较高价态的母离子和碎片离子，因此在提交搜库之前必须对这些母离子和碎片离子进行de-charge。或者，在MGF文件中导出碎片的价态信息（仅Mascot Server 2.7及以上版本支持）。如果您的MS/MS谱不是以Profile而是以Centroid模式采集的，那么需要在Distiller中首先进行去质心化，然后进行后续的电荷处理。

在测试数据时，我们使用了公开的包含已知交联信息的合成肽数据库。我们分别通过以下方法进行峰提取：1）从原始文件中获取质心值，但不确定电荷状态；2）以100 ppDa的分辨率对MS/MS谱进行去质心化和de-charge；3）以600 ppDa的分辨率对MS/MS谱进行去质心化和de-charge。这3种方法分别得到655个、1087个和1143个显著交联谱匹配（CSMs）。并且，de-charge后的峰列表氨基酸鉴定覆盖率更高，因为原本高价态的碎片能得到更好的匹配，从而得分提高了。

然后，我们将去质心化的分辨率从600 ppDa调整到200 ppDa，以查看对得到的CSMs数量的影响。结果显示CSMs的数量略有减少，但数据处理时间减少了5倍。请至我们的Blog中查看更多关于优化交联谱峰提取的建议。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

An affinity-directed phosphatase, AdPhosphatase, system for targeted protein dephosphorylation

Luke M. Simpson, Luke J. Fulcher, Gajanan Sathe, Abigail Brewer, Jin-Feng Zhao, Daniel R. Squair, Jennifer Crooks, Melanie Wightman, Nicola T. Wood, Robert Gourlay, Joby Varghese, Renata F. Soares, and Gopal P. Sapkota

Cell Chemical Biology 30, 188–202, February 16, 2023

作者开发了一种名为AdPhosphatase的新方法，该方法可以选择性、高效地靶向结合GFP标记的蛋白质进行去磷酸化。AdPhosphatase分子由纳米抗体和磷酸酶催化亚基(PPP1CA/PPP2CA)结合而成。

他们比较了AdPhosphatase与小分子激酶抑制剂的去磷酸化效果，发现两种方法对脱磷酸化的作用程度相当。

使用TMT标记定量和磷酸肽富集分析，鉴定出11,821条特异的磷酸化肽段。其中，21种蛋白质对应的肽段磷酸化水平被AdPhosphatase显著下调了2倍以上。此外，AdPhosphatase介导的脱磷酸化特异性非常高，只有一小部分非靶向磷酸化肽段被显著下调。

Mascot Distiller定量报告批处理脚本

Mascot Distiller是一个用户友好的GUI应用程序，但是Quantitation Toolbox的一些功能也可以通过命令行实现，比如为已经包含定量结果的项目导出报告。命令行如下:

MascotDistiller.exe project.rov -batch -quantout output.html -quantreport table-peptides.py -logfile output.log

在Distiller的Help/Reference/Command line arguments中简要描述了语法和参数。第一部分-batch -quantout file.html用于启动定量报告的导出，-quantreport table-peptides.py表示实现该报告的Python脚本。默认输出格式为HTML。您可以根据Python脚本设置其他参数，可用的参数可以在相关的XML文件中查找，例如Mascot Distiller\reports\table-peptides.py.xml。table-peptides支持输出CSV格式：

MascotDistiller.exe project.rov -batch -quantout output.csv -quantreport table-peptides.py -exportFormat CSV -logfile output.log

之所以命名为’batch’是很早就这样定义了，它仅仅意味着不启动GUI。即使在批处理模式下，也只能处理一个.rov文件。当您在Mascot Daemon中使用Distiller导入数据对原始文件进行搜库和定量时，上面的命令行就很有用了。点击Daemon的’External processes’，然后在’After Completing task’中添加带有适当参数的quantreport命令行，您将在Daemon任务结束时自动获得CSV报告。

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Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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