欢迎

欢迎参加即将于2025年6月2日在马里兰州巴尔的摩市ASMS 2025会议期间举办的Matrix Science用户交流会。

若您将在ASMS会议上展示使用Mascot的海报或报告，请将海报/报告编号、主讲人姓名及摘要发送至newsletter@matrixscience.com ，您的成果将有机会刊登在后续的newsletter中。

本月重点推荐的研究成果采用零长度交联技术，探索了GPIHBP1与脂蛋白脂肪酶之间的相互作用机制。

建议使用Mascot内置的CID和HCD模型来提升您的鉴定结果。

Mascot：25 年来值得信赖的质谱蛋白质鉴定参考标准

申请试用

Matrix Science ASMS用户会议邀请

会议信息

• 时间：2025年6月2日（星期一）上午7:00-8:00

• 地点：美国马里兰州巴尔的摩会议中心338室

• 费用：免费参会，但需提前注册（名额有限，建议尽早报名）

• 福利：会议期间提供早餐。

• Using MS²Rescore to boost identification rates in complex samples,
  Tim Van Den Bossche, Computational Omics and Systems Biology Group (CompOmics), Ghent University/VIB-UGent Center for Medical Biotechnology

• Mascot DIA: Universal spectrum-centric approach,
  Ville Koskinen, Matrix Science

• Mascot DIA: Thermo LFQ example,
  Patrick Emery, Matrix Science

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使用Mascot 发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Competitive displacement of lipoprotein lipase from heparan sulfate is orchestrated by a disordered acidic cluster in GPIHBP1

Anamika Biswas, Samina Arshid, Kristian Kølby Kristensen, Thomas J.D. Jørgensen, Michael Ploug

Journal of Lipid Research, 66(2):100745, 2025

血浆中富含甘油三酯的脂蛋白（TRLs）及其胆固醇富集的残留颗粒水平升高，与急性胰腺炎和动脉粥样硬化性心血管疾病风险密切相关。TRLs的快速转化依赖于活性脂蛋白脂肪酶（LPL）的高度调控通量。GPIHBP1作为必需的内皮运输受体，负责间质LPL的穿梭转运。

作者阐明了GPIHBP1如何将LPL从其受限于硫酸乙酰肝素蛋白聚糖（HSPG）的状态中解离的分子机制。除差示扫描荧光法、脂酶活性分析和氢-氘交换质谱外，研究还利用零长度交联技术，实验性地绘制了GPIHBP1酸性尾部与人源LPL（hLPL）的相互作用图谱。

通过1-乙基-3-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺（EDC）将重组及分泌型人源GPIHBP1与hLPL进行交联。经SDS-PAGE分离后，切取交联产物进行酶解、¹⁸O标记，并通过LC-MS/MS分析。原始数据经Mascot Distiller处理，随后使用Mascot Server识别交联肽段，设置以下可变修饰：甲硫氨酸氧化、谷氨酸焦谷氨酸化、酪氨酸硫酸化（标记样本中C端含18O标记）。研究共鉴定到16–22个hLPL与GPIHBP1酸性尾部间的独特交联位点（Mascot评分≥80），并通过C端18O标记的富集进行验证。GPIHBP1中的酸性残基定位于LPL的C端与N端结构域界面附近，揭示了跨LPL双结构域的广泛聚电解质相互作用。

适用于Thermo Orbitrap的最佳MS²PIP模型解析

针对Thermo Orbitrap仪器的定性分析与非标记定量研究，Mascot Server内置三种MS²PIP预测模型：CID、HCD2019/HCD2021及Immuno-HCD。启用MS²PIP功能后，系统可通过预测已鉴定肽段的MS/MS谱图，利用实测谱图与预测谱图的相关性，强化正确鉴定结果并抑制错误匹配。该策略可在不增加错误发现率（FDR）的前提下，显著提升肽段鉴定数量。

• CID模型：专为线性离子阱及源内CID（碰撞诱导解离）设计，适用于传统离子阱质谱数据。

• HCD2021模型：针对高能碰撞解离（HCD）优化，适配Thermo Orbitrap系列仪器的HCD碎裂模式。

• Immuno-HCD模型：专为免疫肽（如HLA-I及HLA-II呈递肽）开发，虽对胰酶消化肽段亦表现良好，但其核心优势在于免疫肽组学分析。

关于Mascot Server 2.7、2.8与3.0版本之间的对比，更多的细节在我们的博客中。

About Matrix Science

Matrix Science为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助大家更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot每年被2000 多篇论文引用，软件全线支持来自Agilent, Bruker, Sciex, Shimadzu, Thermo Scientific和Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系我们或我们的营销合作伙伴，了解如何利用 Mascot 推动蛋白质组学研究的更多信息。

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