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在将原始数据处理为峰列表时，我们建议始终根据峰面积计算离子强度。另一种方法——信噪比——可能在诊断离子的应用中具有一定价值。

本月的重点文章介绍了研究人员采用二甲基标记技术，将未标记样品与氘代标记样品进行双重标记，以测定蛋白质的周转速率。

Mascot Server 具备基于角色的访问控制机制，该机制在多种应用场景中都非常实用。

Mascot：25 年来值得信赖的质谱蛋白质鉴定参考标准

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离子强度：峰面积or信噪比？

当原始MS/MS信号以轮廓模式（profile mode）保存时，在进行肽段鉴定前必须将其处理为峰列表。峰检测算法会为谱图中的每个离子分配质荷比（m/z）和强度值。从原始信号中计算离子强度的方式有多种，而这一选择会直接影响鉴定结果。 两种常见方法是：

1. 基于峰面积计算离子强度，或
2. 基于峰的信噪比

这一问题在Hijazi等人的最新研究中被探讨（Mind Your Spectra: Points to be Aware of When Validating the Identification of Isobaric Histone Peptidoforms.J Proteome Res. 2025）。作者研究了来自高度修饰组蛋白的诊断离子，发现：

• 峰面积作为离子强度时，低质量诊断离子的信号强度在峰列表中被明显“压制”（相比原始数据），而高质量肽段碎片的强度更接近原始信号。
• 改用信噪比后，这一现象被反转。原因是：低质量诊断离子虽然在原始信号中具有较高的最大强度，但其峰宽极窄，导致总信号量（峰面积）较少，但信噪比优异。

一些软件包不提供选择或可能默认使用信噪比。Mascot Distiller默认使用峰面积，但可手动切换为信噪比。我们用这两种方法重新处理了数据。简而言之，使用峰面积可以最准确地表示光谱中的实际信号，从而获得更好的Mascot结果。若需优先关注诊断离子（如组蛋白翻译后修饰分析），可尝试使用信噪比，但需接受搜索结果质量的轻微下降。完整分析详见我们的博客。

使用Mascot 发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Duplexing metabolic deuterated water-labeled samples using dimethyl labeling to estimate protein turnover rates

利用二甲基标记对代谢性氘代水标记样品进行双重标记以估算蛋白质周转速率

Henock M. Deberneh, Michael E. Taylor, Kamil A. Kobak, Michael T. Kinter, Benjamin F. Miller, Rovshan G. Sadygov

Communications Chemistry 8, Article number: 375 (2025), doi:10.1038/s42004-025-01762-1

使用氘代水（D₂O）进行代谢标记会改变酶解肽段的同位素分布模式。通过建模分析单一同位素峰相对丰度随时间的衰减过程，可以估算蛋白质的周转速率。传统方法通常将未标记样品与氘代水标记样品分别在两次独立的液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）运行中分析，之后再对数据进行归一化处理以校正标记富集度。

在本研究中，作者采用轻/重二甲基标记对未标记和氘代水标记的样品进行双重标记，使两者可在单次LC-MS/MS实验中同时分析。这种方法不仅简化了实验流程，还允许直接比较两组样品的同位素分布，并精确计算蛋白质的合成分数。

实验中，小鼠被给予低脂饮食，并在不同时间点开始饮用D₂O富集的饮水。随后采集肝脏和血浆样本，使用Thermo Orbitrap Exploris质谱仪在数据依赖采集（DDA）模式下进行LC-MS/MS分析，并通过Mascot Server进行数据库搜索。在搜索参数中，二甲基标记被设为可变修饰，同时将碳-13同位素最大数量（#13C参数）设为2，以确保能识别来自高质量同位素峰的母离子。

研究人员开发了一款名为 d2ome-dimethyl 的内部软件用于计算蛋白质周转速率。结果显示，由于双重标记增加了样本的蛋白质组复杂度，二甲基双重标记样品鉴定到的肽段数量略低于非双重标记样品。然而，无论是采用传统的“两次独立运行”方法，还是本文提出的“单次双重标记运行”方法，所计算出的蛋白质周转速率高度一致（Pearson相关系数达0.945）。

该研究证明，结合二甲基化学标记与氘代水代谢标记的双重策略，是一种高效、准确且可减少技术变异的蛋白质周转率测定新方法。

使用Mascot Security进行基于角色的访问控制

Mascot Server 内置了一种基于角色的访问控制机制，称为 Mascot Security。基于角色的访问控制适用于多种使用场景。

密码保护的管理权限：启用 Mascot Security 后，所有系统配置均受管理员账户密码保护。启用‘guest’账户：允许用户无需密码即可提交和查看搜索任务。

可见性与隐私设置: 可将用户分配到不同用户组。通过隐私设置，控制不同用户组之间是否可相互查看搜索结果。

优先级与限制设置：可以为用户和组提供更高或更低的计算资源访问权限，以及限制数据库搜索的持续时间或大小。

更详细的示例请参考 Mascot Server 在线帮助文档的 Security章节。

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