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蛋白质组学软件容易占满你的磁盘，从而导致各种异常故障。

本月的重点文章介绍了人类指尖再生过程中的蛋白质组学特征。

Mascot搜索日志中的列宽度可以使用一个鲜为人知的配置选项进行定制。

Mascot：25 年来值得信赖的质谱蛋白质鉴定参考标准

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奇怪的软件故障？请检查你的磁盘空间

一款一直稳定运行的软件会时不时地突然出问题。导致 Mascot Server 故障的最常见原因就是磁盘空间耗尽，这会引发各种奇怪的错误。由于输入数据量大以及处理过程中产生的临时文件，蛋白质组学软件比其他软件更容易遇到这个问题。

我们在博客中汇总了诊断和解决磁盘空间问题的技巧与建议。对于 Mascot Server 而言，占用磁盘空间最多的三项分别是序列数据库（sequence 目录）、数据库搜索的结果文件（data 目录）以及为报告创建的缓存文件（data/cache 目录）。Mascot Server 自带一个名为tidy_data.pl的工具，可用于压缩旧的搜索结果并删除未使用的缓存文件。

在 Mascot Distiller 中，占用磁盘空间最多的是原始文件、项目文件（.rov）以及正常运行期间产生的临时文件。如果你的磁盘堆满了 .rov 文件，可以放心地将它们移动到其他磁盘。只需确保同时将原始文件也移动到同一磁盘，因为项目文件包含指向原始数据的链接。Distiller 还提供了一个菜单操作，用于删除未使用的缓存文件。

最后，Mascot Daemon 也会创建临时文件和各种输出文件。如果这些文件占满了磁盘，可以在 Daemon 的设置中更改临时文件的根文件夹。

使用Mascot 发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Human fingertip regeneration follows clinical phases with distinct proteomic signatures

人类指尖再生遵循具有不同蛋白质组特征的临床阶段

Jurek Schultz, Purva A. Patel, Rita Aires, Leah Wissing, Patrick Glatte, Michael Seifert, Marc Gentzel, Guido Fitze, Adele M. Doyle, Tatiana Sandoval-Guzmán

npj Regenerative Medicine volume 10, Article number: 51 (2025), doi:10.1038/s41536-025-00441-y

人类指尖在远端损伤后能够近乎完全地再生，但人们对这一再生过程在分子水平上的机制，以及它与具有再生能力的动物模型之间的关系知之甚少。作者开展了一项随机对照临床试验，采用一种新型硅胶指尖套治疗指尖损伤。他们定期从指尖套中收集多余的伤口渗出液样本，这些样本覆盖了四个不同的临床阶段。作者得以描绘出每个阶段中独特的蛋白质组学特征、生物学过程和活跃的调控网络，并揭示了其与动物模型的显著差异。

伤口渗出液样本采用 GelC-MS/MS 技术进行分析：先通过 SDS-PAGE 进行分离，然后在凝胶中进行胰蛋白酶消化，最后使用LC-MS/MS（Thermo Q-Exactive HF）在 DDA 模式下进行检测。利用 Mascot Server 完成肽段和蛋白质鉴定后，结果汇总于 Scaffold 软件中。通过筛选出至少在任意3个或更多样本中检测到的蛋白质，从而过滤掉低置信度的蛋白质，最终在36个样本中鉴定出974种蛋白质或蛋白质家族。采用谱图计数法对蛋白质进行定量，随后进行了PCA分析、聚类分析以及通路和网络分析。

自定义搜索日志中的列

Mascot 搜索日志是一个文本文件，记录了关于数据库搜索的有用元数据（任务编号、进程ID、数据库、用户名、电子邮件、标题、中间文件、开始时间、运行时长、状态、优先级、类型、酶、IP地址、用户ID、峰列表数据文件）。通过点击 Mascot 首页的链接可以查看该日志。其列显示方式可以通过鲜为人知的配置选项进行设置。

网页界面为每一列提供了一个复选框，用于控制该列是显示（全宽）还是折叠（宽度为2）。要切换列的显示状态，只需勾选或取消勾选相应的复选框，然后点击"排序（Sort）/筛选（Filter）"即可。

列的宽度和可见性均可配置。进入 Mascot configuration editor，选择 "Configuration Options"。列宽由参数 ReviewColWidths 控制，例如：7,8,8,27,30,120,32,25,6,13,4,4,6,16,7,150。该数值以字符数为单位；例如，第三列是"数据库"列，默认显示数据库名称的前8个字符。

列的可见性由参数 ReviewColDisplay 控制，例如：1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,0,1,1，其中0表示该列默认折叠。在这两种配置中，列的顺序都是固定的，与它们在搜索日志中显示的顺序一致。

About Matrix Science

Matrix Science为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助大家更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot每年被2000 多篇论文引用，软件全线支持来自Agilent, Bruker, Sciex, Shimadzu, Thermo Scientific和Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系我们或我们的营销合作伙伴，了解如何利用 Mascot 推动蛋白质组学研究的更多信息。

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