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Mascot Server 可创建并搜索 DDA 谱图库。我们以一个自建的分枝杆菌（Mycobacteria）谱图库为例进行展示。

本月精选研究介绍了建立用于赖氨酸氨酰化的正交翻译系统。

我们将在六月的 ASMS 2026（美国质谱学会年会）上，展示三份关于 Mascot DIA 的海报。

Mascot：25 年来值得信赖的质谱蛋白质鉴定参考标准

申请试用

使用自定义谱图库鉴定分枝杆菌（Mycobacteria）

质谱技术可用于快速鉴定难以培养或生长缓慢的细菌，从而使患者能够及时接受治疗。最快的鉴定方法是，将二级质谱谱图与物种特异的谱图库进行匹配搜索，Mascot Server即支持此方法。

Chinmaya Kotimoole等人（2024）分析了七种非结核分枝杆菌的蛋白质组，数据采自26个数据集，肽谱匹配总数超过2000 万。他们使用多种仪器和搜索引擎对DDA数据进行了分析或再分析，并在 Skyline 中以 BLIB 格式生成了谱图库。

我们从中选取了若干库，并使用我们的 blib2msp 转换工具将它们转为 Mascot Server所需的MSP格式。这些谱图库并不“纯净”，其中混杂了多种分枝杆菌、多种人类蛋白、牛血清白蛋白以及来自培养基的牛源蛋白。我们用 blib2msp 提取了库中的所有肽序列，随后将其作为分析对象在 Unipept 中进行处理，该工具可将肽段映射到物种。我们将每个列表筛选至单一的分枝杆菌物种，并将其作为过滤器，再利用 blib2msp 生成物种特异性的谱图库。

为进行演示，我们使用了来自另一个分枝杆菌项目（PRIDE 项目 PXD059923）的数据，并将其与筛选后的谱图库进行了搜索匹配。最有用的分析模式是同时搜索 FASTA 序列数据库和物种特异性谱图库，在Mascot Server中以整合库搜索的形式实现了这一功能。我们能够通过测试数据集中的特异性肽段检测出多个物种。完整步骤与结果请见我们的博客。

使用Mascot 发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Expanding the Genetic Code with Lysine Aminoacylation

通过赖氨酸氨酰化拓展遗传密码

Xinyu Li, Qinglei Gan, Chenguang Fan

Journal of the American Chemical Society, 2026, 148, 11, 12411–12422, doi:10.1021/jacs.6c03157

赖氨酸氨酰化是近期在人体内发现的一种翻译后修饰，由于难以在目标赖氨酸位点生成均匀氨酰化的蛋白质，相关研究仍十分有限。作者针对十种不同类型的赖氨酸氨酰化建立了正交翻译系统，兼容细菌和哺乳动物细胞。他们采用遗传密码扩展策略，对氨酰tRNA合成酶进行工程改造，使其能识别氨酰化赖氨酸，并设计工程化tRNA——通常带有突变的的反密码子——来解码指定的密码子。

作者利用该方法在体外和体内展示了赖氨酸氨酰化对关键代谢酶及细胞代谢的影响。他们表达并纯化了含氨酰化赖氨酸的超级折叠绿色荧光蛋白、含氨酰化赖氨酸的丙酮酸激酶M2或葡萄糖-6-磷酸脱氢酶、含乙酰赖氨酸的PKM2或G6PD，以及含缬氨酰化赖氨酸的PKM2。样品经SDS-PAGE分离后，用LC-MS/MS（Thermo LTQ Orbitrap XL）分析，随后用Mascot Server搜索DDA谱图，以鉴定并定位修饰赖氨酸。此外，还利用圆二色光谱分析了PKM2变异的结构，并通过Seahorse XF糖酵解速率测定实验测量了糖酵解速率。

Matrix Science 在 ASMS 2026

Matrix Science 将出席今年六月在加利福尼亚州圣迭戈举行的 ASMS 2026。欢迎莅临 616 号展位。

我们一直全力完善 Mascot 中的 DIA 支持。在 ASMS 2026 上，我们将展示三份基于真实数据的 Mascot DIA 海报：

Mascot DIA introduces probabilistic scoring to spectrum-centric analysis of DIA data. Mascot DIA 为 DIA 数据的谱图中心分析引入概率评分。
示者：Ville Koskinen。6 月 3 日（周四），主题： Informatics: Peptide ID and Quantification.

Mascot DIA enables direct comparison of DDA and DIA identification and quantitation results. Mascot DIA 可直接比较 DDA 与 DIA 的鉴定和定量结果。
展示者：Patrick Emery。6 月 3 日（周四），主题：Informatics: Peptide ID and Quantification.

Overcoming Peptide-Centric DIA Limitations: Discovering Unsuspected Modifications in Narrow-Window DIA Using Mascot Error Tolerant Search. 克服以肽段为中心的 DIA 局限：利用 Mascot 容错搜索发现窄窗口 DIA 中未预期的修饰。
展示者：Richard Jacob。6 月 3 日（周四），主题：Peptides: PTM Identification

About Matrix Science

Matrix Science为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助大家更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot每年被2000 多篇论文引用，软件全线支持来自Agilent, Bruker, Sciex, Shimadzu, Thermo Scientific和Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系我们或我们的营销合作伙伴，了解如何利用 Mascot 推动蛋白质组学研究的更多信息。

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