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在您的AI编程助手中安装Mascot Parser skill，即可解锁自动化处理与自定义报告功能。

本月精选研究比较了N端蛋白质衍生化的不同方法。

当您需要将Mascot迁移至新硬件时，只需联系我们即可获取替换的产品密钥。

Mascot：25 年来值得信赖的质谱蛋白质鉴定参考标准

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面向编程助手的 Mascot Parser skill

AI 编程助手能够加速定制软件的开发。我们现在为大型语言模型（LLM）提供一项编码技能，用于教会助手如何使用 Mascot Parser——这是我们提供的 API 工具包，用于与 Mascot Server 交互并读取 Mascot 搜索结果。通过该技能，编程助手可以自动完成数据处理任务、进行数据挖掘并生成自定义报告。示例技能可从我们的 GitHub 仓库下载，并可用于不同的编程助手。

Mascot Server 和 Mascot Daemon 中提供了多个接口（hook）位置，可供调用定制脚本。一个常见用例是在搜索完成后自动运行脚本，并根据结果生成自定义报告。为作演示，我们将该技能安装到 Anthropic Claude 中，并指示助手编写一个脚本，用于生成保留时间（RT）vs 质荷比（m/z）的二维散点图，同时标注鉴定率。经过几轮优化调整后，Python 脚本即可就绪，并可用于质量控制（QC）。该脚本既可在命令行中运行，也可在 Mascot Daemon 的“After Each Search”接口中自动调用。

有关该编码技能、LLM 对话记录摘要以及示例 QC 脚本的链接，均可在我们的博客中找到。

使用Mascot 发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

N-Terminal protein sequencing by nicotinic acid derivatization and MS analysis

烟酸衍生化结合质谱分析进行蛋白质N端测序

Peter Gehrig, Simone Wüthrich, Serge Chesnov, Ralph Schlapbach and Paolo Nanni

Anal Bioanal Chem (2026), doi:10.1007/s00216-026-06727-4

单个基因可产生具有不同N端的多种成熟蛋白质形式（proteoforms），这些形式可源于起始甲硫氨酸的切除、信号肽和前肽的切割、氨肽酶的修剪、RNA剪接以及翻译后修饰。在大多数基于质谱的N端测序流程中，对N端氨基（以及赖氨酸侧链的氨基）进行化学衍生化是必不可少的一步。常用的方法是在甲醛和氰基硼氢化钠（作为还原剂）的混合物中进行二甲基化，但该方法已被报道存在多种不良副反应，且甲醛和氰基硼氢化钠均为危险化学品。

近期这项研究的作者考察了用于蛋白质N端修饰的替代试剂。他们比较了几种化学标记策略，包括：用吡啶硼烷替代氰基硼氢化钠的传统还原性二甲基化、RapiFluor试剂、2-吡啶甲醛、TMT试剂以及烟酸N-羟基琥珀酰亚胺酯（烟酸NHS酯）。每种方法均从标记效率、选择性、质谱灵敏度和副反应等方面进行了评估。

经数据依赖性采集液相色谱-串联质谱（DDA LC-MS/MS）分析后，研究人员使用Proteome Discoverer 2.1处理原始数据，并根据样品类型，用Mascot Server 3.0分别检索牛、马或大肠杆菌的UniProt蛋白质数据库。随后使用Percolator对结果进行优化，并应用1%的错误发现率（FDR），从而能够对不同衍生化方法进行比较。在所测试的方法中，烟酸N-羟基琥珀酰亚胺酯表现出尤为出色的效果，具有足够高的标记产率和强的MS/MS谱图，从而能够从多种测试蛋白中鉴定出N端肽段。

新硬件更换时的产品密钥

今年内存模块和NVMe存储价格大幅上涨，使得购置新电脑变得颇为棘手。然而，有时旧电脑已濒临使用寿命终点，或直接报废。那么，如何将所有软件和数据迁移至新系统呢？

我们提供了完整的操作指南，说明Mascot Server、Mascot Distiller和Mascot Daemon需要备份和恢复的内容。第一步，只需联系我们，即可获取新硬件的临时产品密钥。如果您拥有有效的支持合同，则可将license自由迁移到任何Windows或Linux系统。如果您的支持已过期，您仍可选择自己操作将license自由迁移到运行相同操作系统的新硬件上（Windows到Windows，或Linux到Linux）。此外，我们也乐意为您提供关于最佳电脑配置和操作系统兼容性的建议。

About Matrix Science

Matrix Science为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助大家更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot每年被2000 多篇论文引用，软件全线支持来自Agilent, Bruker, Sciex, Shimadzu, Thermo Scientific和Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系我们或我们的营销合作伙伴，了解如何利用 Mascot 推动蛋白质组学研究的更多信息。

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