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我们现在为 AI 编码助手提供一项 Mascot Distiller 技能，包括创建自定义定量报告和导出格式的能力。

本月精选研究介绍了SOX3 被鉴定为某种罕见 X 连锁腓骨肌萎缩症的主要候选基因。

旧的 NCBI Taxonomy 浏览器正被 NCBI Taxonomy 取代。新网站让下载用于 Mascot 搜索的 FASTA 文件比以往更加方便。

Mascot：25 年来值得信赖的质谱蛋白质鉴定参考标准

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面向编码助手的 Mascot Distiller 技能

AI 编码助手可以让定制软件开发变得更快捷。继近期面向 LLM 的 Mascot Parser 编码技能之后，我们现在又提供了面向 Mascot Distiller 的技能。这样你就可以指示编码代理创建自己的定量报告和导出格式。

Mascot Distiller 是一款与仪器厂商无关的应用程序，可利用 Mascot 数据库搜索来鉴定和定量蛋白质。它自带一系列报告，覆盖了许多常见用例，但不可能为每一种用例都提供报告。Distiller 包含一个可扩展框架，可使用 Python 编程语言创建自定义报告。

我们博客中的一篇教程提供了创建报告的分步操作指南。在这个示例中，我们使用 LLM 编码代理，借助 Mascot Distiller 技能开发一个新的 MSstats 报告。MSstats 是一个成熟的统计框架，适用于蛋白质组学实验中的组间比较、时间序列、配对样本以及更复杂的设计。

经过几次迭代和一些测试后，一个新的 Python 脚本已准备好用于生成可供 MSstats 使用的 CSV 文件。我们已将其发布在 GitHub 仓库中，因此你无需花费额外的 token 重新创建它。同一仓库中还包含了编码代理会话记录（transcript）的链接。

使用Mascot 发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

The Charcot–Marie–Tooth Neuropathy (CMTX3) Complex Structural Variation Causes Differential SOX3 Spatiotemporal Expression

腓骨肌萎缩症（CMTX3）复杂结构变异导致 SOX3 时空表达差异

Alexandra Boyling, Anthony N. Cutrupi, Desmond Li, Ben Crossett, Jonathan J. Danon, Edward D. Harvey-Latham, Garth A. Nicholson, Steve Vucic, Marina L. Kennerson

Human Mutation, 2026; 2026:4225263, doi:10.1155/humu/4225263

腓骨肌萎缩症（Charcot–Marie–Tooth，CMT）神经病是一组临床异质性疾病，可导致进行性远端肌无力和肌萎缩、感觉障碍，并可不同程度累及中枢神经系统。CMTX3 是一种罕见的 X 连锁 CMT 亚型，作者此前的研究已定位其致病位点。在本研究中，他们利用患者来源的诱导多能干细胞（iPSC）系，在神经元分化的不同阶段对 CMTX3 进行建模。

在对患者来源的脊髓运动神经元（sMNs）进行批量 RNA 测序后，作者使用 NanoString nCounter 对局部基因调控进行了靶向评估。结果提示，SOX3 是 CMTX3 sMN 分化过程中首位的时空失调基因。

随后，作者采用 LC-MS/MS 蛋白质组学证实了 CMTX3 神经上皮细胞（NEPs）中 SOX3 的下调。他们收集了来自 3 名患者和 3 名对照的 iSPCs，进行酶解并用 TMT6plex 标记，然后使用 Thermo Orbitrap Eclipse 在 DDA 模式下进行分析。图谱在 Proteome Discoverer 中处理，并使用 Mascot Server 3.1 进行搜索，其中包括利用预测碎片强度进行重打分（MS2PIP 模型 HCD2019）。差异蛋白表达分析在 RStudio 中完成。去除重复特征并过滤掉未在所有样本中鉴定到的蛋白质命中后，作者每个样本可定量约 8000 种蛋白质。其中，CMTX3 与对照 NEPs 之间有 23 种蛋白质发生显著改变，而 SOX3 是 CMTX3 连锁区域内编码的唯一差异丰度蛋白。

NCBI Taxonomy

2026 年 10 月，NCBI 将用 NCBI Taxonomy 取代旧的分类浏览器（www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi）。这是一个重新设计的网站，包含新的 Taxonomy Browser、Common Tree 和 Taxonomy 名称检查工具。

NCBI Taxonomy 链接到 NCBI Datasets，后者是 NIH 比较基因组学资源（CGR）工具包的一部分。现在查找并下载蛋白质序列的 FASTA 文件非常方便。NCBI 数据库非常全面，包含一些 UniProt 中并不总是提供的物种和菌株。

例如，搜索 Helicobacter pylori（幽门螺杆菌）。除了参考基因组外，NCBI 还托管了 9000 多个不同菌株和分离株的其他基因组。点击链接进入某个基因组组装页面，点击 Download，将文件来源选择为 All，文件类型选择 Protein (FASTA)。

该 FASTA 文件可使用 Mascot Server 进行搜索。设置说明见在线帮助以及YouTube。

关于 Matrix Science

Matrix Science为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助大家更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot每年被2000 多篇论文引用，软件全线支持来自Agilent, Bruker, Sciex, Shimadzu, Thermo Scientific和Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系我们或我们的营销合作伙伴，了解如何利用 Mascot 推动蛋白质组学研究的更多信息。

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