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分析古蛋白质是非常具有挑战性的，我们讨论了最近一篇综述中关于这方面的研究技巧。

本月的特色文章探索了子宫内膜癌的潜在生物标志物。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

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古蛋白质研究的挑战

最近一篇关于古蛋白质组学的综述列举了对于古老蛋白质样本的前处理和数据分析所面临的一些独特挑战。首要问题是样品的收集和制备，至少要能够检测到蛋白质。这些被土壤、微生物或水等外界杂质包裹了数百年（甚至数百万年）的样本，可能只剩下极少的蛋白质，并可能因成岩作用而发生非常多的未知修饰。

另一个巨大的挑战是蛋白质序列数据库，这些数据库可能只包含很少或不包含许多历史或地理上重要物种的序列，如局部地区的植物、哺乳动物、鸟类或鱼类。这个问题类似于宏蛋白质组学遇到的问题。虽然你可以尝试从头测序，但更好的方法是从尽可能多的物种中建立更全面的序列数据库。一些像地球生物基因组计划（Earth Biogenome Project）这样的大型项目正在做这样的工作。即使目标物种不在数据库中，拥有来自同一属或同一科的物种也会提供一定的参考。

在成岩过程中，蛋白质通常会发生非常多的修饰（如deamidation），这也是我们能够鉴定远古蛋白质的一个依据。如果鉴定出的某个蛋白质没有发生一定程度的预期修饰，那它很可能是实验引入的污染物。我们的Blog 中有更多关于古蛋白质组学研究的技巧和建议。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

A Label-Free Proteomic Approach for the Identification of Biomarkers in the Exosome of Endometrial Cancer Serum

Eduardo Sommella, Valeria Capaci, Michelangelo Aloisio, Emanuela Salviati, Pietro Campiglia, Giuseppe Molinario, Danilo Licastro, Giovanni Di Lorenzo, Federico Romano, Giuseppe Ricci, Lorenzo Monasta and Blendi Ura

Cancers 2022, 14, 6262

作者探索了分泌在血清外泌体中的子宫内膜癌(EC)的关键介质，这些介质可能是癌症发展和进展的潜在生物标志物。外泌体是起源于多泡小体的微囊泡，直径为30 - 100nm。

为了表征EC患者血清的外泌体蛋白质组，他们首先从12名EC患者和12名对照组个体的血清（去除白蛋白）中分离出外泌体。然后他们使用Mascot Distiller中的Replicate方法对LC-MS/MS数据进行了label free定量，其中多个数据集中母离子的XIC相对强度使用mass和elution time对齐。共鉴定到421个protein groups，其中31个蛋白质的表达倍数变化大于1.5。

为了建立一个稳健的模型，作者选择了8个倍数变化大于3.5的蛋白，生成了Sensitivity-83%，Specificity-71%的预测模型。优化的模型实现了Sensitivity-100%和Specificity-86%，区分出了Stage 1和晚期 EC患者。

保持版本更新

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在同一硬件上更新Mascot非常简单。只需下载并运行安装程序，即可将程序文件更新到新版本。所有配置文件、搜索结果和序列数据库都不会改变。如果运行Mascot的PC已经比较老了，那么迁移到新的硬件上可以很容易地使数据库搜索速度翻倍。迁移Mascot我们可以免费重置license，此外，我们可以提供一个30天的临时license用于测试新硬件系统。每种操作都有详细的说明。如果想切换操作系统（如从Windows到Linux，反之亦然），只要license在维保期内，我们就可以提供免费支持。如果需要重新获得售后支持，请购买最新版本的升级，可附带一年的高级售后支持。在已有版本上升级总会比直接购买新的license 便宜。

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