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如何根据您的定量结果轻松批量创建强大的统计图表。

这个月的重点出版物描述了作者如何刺激突触蛋白和对唾液酸化进行定量，揭示了一种可能是新的神经传递模式。如果您在近期有发表的文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot小贴士解释了Mascot Server Database Manager中自定义和预定义配置之间的区别。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

根据Quantitation Summary创建图表

将表达数据编译成为Quantitation Summary后，即可使用各种强大的第三方软件工具进行数据分析和可视化。最简单的方法是在Excel中操作数据，尽管这在一定程度上受到限制，而Perseus应用程序提供了一系列带有图形用户界面的工具。对于更多工具，Bioconductor提供了200多个用于蛋白质组学和质谱数据分析的脚本。

为了说明用几行R脚本可以实现的目标，我们检查了非小细胞肺癌中致癌性microRNA 的TMT 10标数据集。很容易地能够生成箱形图，PCA聚类，关系热图和倍数变化的火山图。

Mascot Daemon帮助文件中很好地记录了Sample Map 和 Quantitation Summary可以使你快速入门。Bioconductor也有丰富的技术支持和教程资料。

请点击这里阅读详细信息。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们一个PDF或URL。

Depolarization-dependent induction of site-specific changes in sialylation on N-linked glycoproteins in rat nerve terminals

Inga Boll, Pia Jensen, Veit Schwaemmle and Martin R. Larsen

Molecular & Cellular Proteomics 19, 1418-1435 (2020)

作者研究了唾液酸化作用对从大鼠脑神经末梢分离的突触蛋白N -连接糖基化的影响。利用TiO₂色谱法结合酶解去糖基化，TMT定量和LC-MS/MS，他们鉴定出了超过5000个蛋白质。

进一步使用KCl刺激细胞5秒钟，这种去极化导致了多种唾液酸化和去唾液酸化发生。作者发现在去极化作用5秒后，430个糖基化位点的丰度发生了变化。由此，他们提出唾液酸化是一种动态PTM，可能对神经末梢的突触传递过程有重大影响。

他们还对蛋白质组学数据进行了筛选，鉴定出可能负责唾液酸化和去唾液酸化的酶，发现3种唾液酸酶和8种唾液酰转移酶类。

Mascot Tip

Mascot Server Database Manager提供了两种类型的数据库定义方式：自定义和预定义。自定义很容易描述和理解。您（用户）对配置中的所有内容进行定义，比如下载URL链接和数据库解析规则。您可以使用现有的定义作为模板，也可以从头开始。

预定义的意思是Matrix Science已经指定了配置，只能进行有限的更改。如果你想添加的数据库是预定义的，使用预定义而不是自定义有以下几个优点:

• 只需要单击几下即可启动和运行
• 可靠并且经过测试的配置
• Matrix Science 保持最新的自定义

最后一点意味着如果更改了某些内容，比如下载URL或标题行格式，我们将更新定义，以便下次您要更新本地数据库文件时它是正确的。我们还建议为使用物种分类文件的任意数据库选择预定义模板，否则会使自定义变得更加复杂。

这两种类型的定义都可以设置为自动更新，也可以不设置。启用自动更新的唯一要求是该定义指定了所有所需文件的下载 URL。所有预定义的定义都有下载 URL，但对于自定义定义来说，这是可选的。

更多信息在Database Manager 帮助页面。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

Matrix Science Ltd, 64 Baker Street, London W1U 7GB, UK
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