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Mascot Distiller提供多种内置的与自定义的定量报告。

本月的特色文章研究了微管蛋白上不同种类的PTMs及其对蛋白功能的影响。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月小贴士介绍了Mascot中TMTpro的定量方法。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

ANOVA, Box-Plot, 聚类, 火山图等等

Mascot Distiller提供多种图形和表格定量报告。在最新版本中，报告是用Python脚本编写的，并使用Mascot Parser访问搜库和定量结果。这种脚本的灵活性允许我们添加新的功能来生成ANOVA、Box-Plot、各种聚类报告和火山图等，以及导出蛋白质和肽段定量数据，以用于R和Perseus等工具的后续分析。

报告使用的是可视化向导界面，您可以在其中指定格式和参数。您可以导出静态图片或支持Javascript的交互式报告，该报告允许缩放、过滤、注释和生成用于发表的图片。您还可以通过编写自己的Python代码向系统添加自定义报告。

我们使用了一个LFQ数据集来展示上述提到的新的报告，该数据研究了丙氨酸- tRNA合成酶在酿酒酵母中的作用。我们用Mascot Distiller重新处理了质谱原始数据，然后根据PRIDE中的搜库设置，用Mascot Server对生成的peak list检索，通过Mascot Distiller完成定量。我们创建了各种各样的报告，有助于从数据中揭示生物学相关的信息。您可以在我们的Blog中看到示例图和报告。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Combinatorial and antagonistic effects of tubulin glutamylation and glycylation on katanin microtubule severing

Ewa Szczesna, Elena A. Zehr, Steven W. Cummings, Agnieszka Szyk, Kishore K. Mahalingan, Yan Li, Antonina Roll-Mecak

Developmental Cell, 57, 2497–2513, November 7, 2022

微管结构，即α、β-微管蛋白异质二聚体的聚合物，参与形成细胞骨架，构建形态各异的细胞结构，如纺锤体、纤毛和鞭毛，并可以作为胞内运输的介质。微管结构具有不同的化学翻译后修饰（PTMs），这些PTMs作为“微管蛋白编码”的一部分，帮助调节微管调节物的聚集和活性。

作者研究了集中在微管蛋白尾部的PTMs如何调节katanin。 katanin是一种可以调节微管蛋白的物质，它从微管中提取微管蛋白亚基并沿其长度切断。他们提取非修饰的人微管蛋白，并利用重组谷氨酰酶在体外对其进行修饰。

当α-微管蛋白平均谷氨酸含量为3个左右时，与未修饰的微管相比，剪切性增强了将近5倍，而谷氨酸含量在7个左右时，剪切性将近9倍。此外，微管聚集随着α-和β-微管蛋白谷氨酰化的增加而增加。β-谷氨酰化位点的MS/MS图谱显示，E441位点优先谷氨酰化，其次是E438位点，E439、E442和E443位点的谷氨酰化程度较低。

作者还研究了α-微管蛋白脱氨酸(去除末端酪氨酸)是否能调节katanin，结果表明脱氨酸减少了katanin与微管结合，同时也减少了剪切。他们观察了这两种修饰的组合效应，发现α-或β-尾端的聚谷氨酰化可以消除脱氨酸的抑制作用。甘氨酸化降低了katanin与微管结合和剪切，抑制趋势与甘氨酸数成正比，而乙酰化则没有影响。

TMTpro定量方法

Mascot Server 2.8.1 增加了TMTpro 16-plex和18-plex的定量方法。抱歉的是，这两个方法有一个错误设置。“Required”选项默认是被勾选的，意味着只有序列中有赖氨酸（K）并且K和N端都被TMTpro修饰的肽段才会被定量。如果一个肽端序列中没有K，那么根据定量方法，它是不能被定量的(它缺少一个必需的固定修饰)。通常，如果蛋白质在胰蛋白酶消化之前被标记，那么“Required”应该被勾选，在这种情况下，大约有一半的肽段是未被标记的，应该从定量中排除。如果标记是在酶切后做的，那么“Required”就不应该被勾选。

配置错误不会影响搜库本身，因为是否勾选“Required”，Mascot处理固定修饰的方法是一样的。在搜库结束时，报告计算与固定修饰匹配的每个肽段的定量比。配置错误影响的是报告中某些肽段是否可被定量。

很抱歉我们在软件内测中没有发现这个错误。默认配置将在Mascot的下一个版本中修复，并且您在本地Server的配置中也可以很简单地进行修改。进入Mascot Configuration Editor→Quantitation，打开TMTpro 16-plex或18-plex方法即可进行编辑。在Method选项卡中，打开Modification groups 后面的“TMT fixed”。取消选中Required复选框，然后单击“OK”和“Save changes”。或者，您可以在文本编辑器中编辑quantitation.xml，并将这两个量化方法的required=“true”属性更改为required=“false”。有了这个“奇怪的小技巧”，你可以成倍地增加TMTpro定量肽段的数量！

About Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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